#!/usr/bin/env Rscript
library(ape)
library(seqinr)
setwd("/mnt/c/Users/hakke/Documents/ITK/5-szemeszter/bioinfó/7.gyakorlat/")
ali.prot<-read.alignment("IL6_protein.aln",format="fasta")
ali.rna<-read.alignment("IL6_mRNA.aln",format="fasta")
ali.rna.b<-as.DNAbin(ali.rna)
d.prot<-dist.alignment(ali.prot,matrix="similarity")
d.rna.n<-dist.dna(ali.rna.b,model="N")
d.rna.ts<-dist.dna(ali.rna.b,model="TS")
d.rna.tv<-dist.dna(ali.rna.b,model="TV")
d.rna.raw<-dist.dna(ali.rna.b,model="raw")
d.rna.JC69<-dist.dna(ali.rna.b,model="JC69")
d.rna.K80<-dist.dna(ali.rna.b,model="K80")
d.rna.F84<-dist.dna(ali.rna.b,model="F84")
d.rna.TN93<-dist.dna(ali.rna.b,model="TN93")
t.prot<-nj(d.prot)
plot(t.prot,main="Protein sequences")

# Canis lupus az aljára került
t.prot<-root(t.prot,outgroup=7,resolve.root=T)
plot(t.prot,main="Protein sequences")

# Filogenetikus fák a fehérjékben található mutációk alapján
par(mfrow=c(2,2))
plot(root(nj(d.rna.n),outgroup=7,resolve.root=T),main="mRNA sequences",sub="N")
add.scale.bar(length=10)
plot(root(nj(d.rna.ts),outgroup=7,resolve.root=T),main="mRN A sequences",sub="TS")
add.scale.bar(length=10)
plot(root(nj(d.rna.tv),outgroup=7,resolve.root=T),main="mRN A sequences",sub="TV")
add.scale.bar(length=10)
plot(root(nj(d.rna.raw),outgroup=7,resolve.root=T),main="mR NA sequences",sub="Raw")
add.scale.bar(length=0.05)
par(mfrow=c(1,1))

# Filogenetikus fák a nukleotid-láncokban található mutációk alapján
par(mfrow=c(2,2))
plot(root(nj(d.rna.JC69),outgroup=7,resolve.root=T),main="m RNA sequences",sub="JC69")
add.scale.bar(length=0.05)
plot(root(nj(d.rna.K80),outgroup=7,resolve.root=T),main="mRNA sequences",sub="K80")
add.scale.bar(length=0.05)
plot(root(nj(d.rna.F84),outgroup=7,resolve.root=T),main="mR NA sequences",sub="F84")
add.scale.bar(length=0.05)
plot(root(nj(d.rna.TN93),outgroup=7,resolve.root=T),main="m RNA sequences",sub="TN93")
add.scale.bar(length=0.05)
par(mfrow=c(1,1))

# Fák összehasonlítása
t.rna<-nj(d.rna.JC69)
A<-matrix(t.rna$tip.label,nrow=7,ncol=2)
cophyloplot(t.rna,t.prot,A,space=25,lty=2)

# Összehasonlító ábra kiírása PDF-be
pdf("IL6_cophyloplot.pdf",paper="a4")
cophyloplot(t.rna,t.prot,A,space=25,lty=2)
dev.off()